Controladoria deve avaliar todas as notas de empenho e suas respectivas notas fiscais e, ainda, emitir certidão de regularidade da despesa antes do pagamento?1

Não. A análise da controladoria é pelo critério de materialidade selecionando valores mais altos em relação ao orçamento do órgão. A gestão é quem deve conferir (ordenador e liquidante) e autorizar o pagamento ou não.1